GSEA富集分析山峦图
简介
GSEA富集分析结果山峦图展示了显著富集基因集的NES,P值(或者FDR等统计量),以及核心基因log2FC的分布情况。图中X轴表示log2FC,Y轴表示基因集,左侧的点表示NES,红色表示NES为正,蓝色表示NES为负,山峦的填充色表示-log10(p),山峦的分布表示核心基因的log2FC的分布。
数据说明
输入2个数据
1)GSEA结果,包括4列:第1列是基因集;第2列是NES值;第3列是p值(或者FDR等其他统计值,范围0-1,不能为0,若为0,请修改成表格里边除0外,最小的那个值);第4列是核心基因(使用/分隔)
2)基因的log2FC,包括2列:第1列是基因;第2列是log2fc(正的表示上调,负的表示下调)。GSEA第4列的基因的log2FC值从这里自动提取。
论文例子
如何引用?
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(知网)论文
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Dec 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.