用前必读
1,使用excel存储并调整数据,不要有空的单元格
2,先用输入框下方的“输入检查”按钮检查输入,通过后再作图
3,表头请勿使用#,<,>,%,(,)等特殊符号。默认仅支持英文字符
4,出图后用inkscape或acrobat illustrator修改pdf文字、字体,图例,处理截断
5,生信项目合作,提交bug、发文引用换积分,请加管理员微信(页面右下)

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必需输入  KEGG emap网络图绘制视频教程
1)上传GO,KEGG富集结果文件夹中文件后缀为.RData的文件

2)待绘图term名字(一行一个,来自富集结果第二列,大小写敏感)
3)至少2个term,一个不太行
注:若有term名字长度>60,必须将图片宽度设置大点才能出图

可选输入
图片宽度:;图片高度:

节点及线
节点大小:;节点字体大小:
线宽度:;显示连线的最小基因比例:

图例(legend)
标题字体大小:;说明字体大小:

按照哪一列上色


颜色(默认log转化)
低颜色: ;高颜色:

字体


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clusterprofiler GO,KEGG富集emap图

简介
根据clusterprofiler GO,KEGG富集结果,调用enrichplot绘制emap网络图,根据term和term见重叠的基因数,计算并绘制term-term间的网络关系。相互重叠的基因集往往会聚集在一起,使其容易识别功能模块。
数据说明
输入数据包括:1)clusterprofiler GO KEGG富集分析输出的RData(R对象)文件;
2)富集结果excel中待绘图的term,一行一个,大小写敏感
论文例子
Aberrant Gene Expression Profiling in Men With Sertoli Cell-Only Syndrome. Fig 3B
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输出

如何引用?

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正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y. SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Dec 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.