Mantel相关性网络图
简介
Mantel分析通过计算两个距离矩阵的相关性,常用于生态学和多组学研究,以展示不同数据集之间的空间或功能关联。例如:1) 群落生态学中展示环境因子与物种分布的关系;2) 代谢组学中展示饮食干预与代谢物谱变化;3) 转录组学中展示药物处理与基因表达模式的响应关联。
数据说明
输入为两个矩阵。第一个矩阵第一行是特征名,其余行是每个样品对应的特征值(主图的相关性热图);第二个矩阵第一行是待分组的信息(主图外侧的点和线,也就是将这个矩阵分成N组计算相关性,自动分),不能包含特殊符号(例如:空格,括号,引号等),其余行是每个样品对应的特征值。
论文例子
Effects of biochar, dual inhibitor, and straw return on maize yield, soil physicochemical properties, and microbial system under fertilization conditions. Fig 3B
如何引用?
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(知网)论文
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Dec 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.