带共同基因标注的双火山图
简介
当样品是三组时(例如对照,用药,撤药),可以使用串联的双火山图,标注用药vs对照上调的基因,及用药vs撤药上调的基因,即那些呈现低-高-低,或者低-中-高等趋势的基因,相当于常规火山图+venn图+标注基因的组合。
数据说明
输入数据有3个:1)左侧火山图的数据:第一列是基因名(唯一);第二列是log2FC(正的表示上调,负的表示下调);第三列是p值(或者FDR等)。
2)右侧火山图的数据:第一列是基因名(唯一);第二列是log2FC(正的表示上调,负的表示下调);第三列是p值(或者FDR等)。
3)待标注的共有基因:一行一个。这里推荐左侧火山图上调基因,右侧火山图下调基因;或者左侧火山图上调基因,右侧火山图上调基因(右侧的火山图左右会反转,上调在左侧,下调在右侧)
论文例子
Liver-Inspired Polyetherketoneketone Scaffolds Simulate Regenerative Signals and Mobilize Anti-Inflammatory Reserves to Reprogram Macrophage Metabolism for Boosted Osteoporotic Osseointegration. Fig4A
如何引用?
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(知网)论文
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on May 4, 2026), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.