human hg38染色体密度+Marker标记图
简介
根据染色体数据绘制染色体骨架,然后将密度信息以热图形式叠加上去,同时可以在右侧叠加marker信息,不同类别用不同的形状表示。调用 RIdeogram 包
数据说明
热图数据:输入为4列。第一列是染色体编号(1-22,X,Y),第二列是start坐标,第三列是end坐标,第四列是数值(例如read count,基因数,SNP数等)。
Marker数据:输入为4列。第一列是染色体编号(1-22,X,Y),第二列是start坐标,第三列是end坐标,第四列是类别信息(最多支持6类)。
注:该图四周空白较多,后期可以使用inkscape编辑下
论文例子
Optical genome mapping uncovers clinically relevant structural variants in congenital heart disease with heterotaxy. Fig 2D
如何引用?
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(google学术),8500+篇
(知网)论文
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on May 4, 2026), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.