GO term百分比、基因数双Y轴柱状图
简介
此图一般用于特殊物种基因注释,将所有基因注释到GO上,根据注释上的基因数,绘制bar图。左侧Y轴显示的是比例,也就是注释到特定GO term上基因占总基因的百分比,右侧是基因数。由于不同GO term基因可能差异很大,因此左侧刻度0.1、1、10、100是log10对数刻度,而为了保证很小比例的term,0.1到0是线性刻度。由于精度原因,右侧Y轴四舍五入取整,可以后期进行适当修改。
输入数据
数据包含3列:第1列是GO term;第2列是GO 分类(必须是:biological process、cellular component、molecular function中的一个),且3类必须都有;第3列是每个GO term注释到的基因数。
数据包含4列:第1列是GO term;第2列是GO 分类(必须是:biological process、cellular component、molecular function中的一个),且3类必须都有;第3列是每个GO term注释到的基因数(一般是全部基因);第4列是特定条件下每个GO term注释到的基因数。
论文例子
Genophenotypic insights into biocontrol and growth-promoting mechanisms of Bacillus velezensis BV25 against tomato Fusarium wilt Fig 7
Genome-wide identification, structural characterization and expression profiling of AP2/ERF gene family in bayberry (Myrica rubra) Fig 9
如何引用?
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(知网)论文
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on May 4, 2026), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.